O Microempreendedor Individual tem pagar algum boleto de cobrança que chega pelo correi, e-mail ou SMS, por instituições, associações e/ou para instituições privadas como associações ou sindicatos?

Não. O MEI, NÃO é obrigado a se filiar a nenhuma instituição ou pagar boletos enviados pelo correio, e-mail ou SMS por instituições, associações e/ou sindicatos. Sendo assim, caso receba este tipo de cobrança, NÃO efetue o pagamento, vez que, é indevida.