Se um empregado que também tem um MEI perder o emprego, ele tem direito ao seguro desemprego, mesmo tendo o MEI?

Sim, desde que não tenha auferido, como MEI, renda mensal igual ou superior a 1 (um) salário mínimo no período de pagamento do benefício.
Outra possibilidade é baixar o MEI antes de solicitar o benefício e abrir outro após o término do mesmo.

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Responderemos na primeira oportunidade.