A pessoa física que possui débitos comerciais ou dúvidas junto a instituições financeiras, bem como, restituição cadastral nos órgãos de proteção ao crédito, poderá de formalizar MEI?

Sim. Não existem impedimentos para que a pessoa física com débitos, dívidas comerciais ou bancárias, bem como, com restrição cadastral junto às instituições de proteção ao crédito se formalize como MEI.